Buku ini merupakan kelanjutan dari buku “Ideologi-Ideologi Pasca Reformasi” yang diterbitkan tahun 2012. Menurut penulisnya, As’ad Said Ali, kedua buku itu berangkat dari ambisi pribadnya untuk melakukan kajian menyeluruh tentang gerakan-gerakan radikal.
Buku Al Qaeda terdiri dari 9 bab yang dimulai dengan cerita mengenai pengalaman pribadi penulis saat bertugas sebagai pejabat Badan Intelijen Negara (BIN) di Timur Tengah pada 1982 sampai 1990. Selanjutnya penulis menyampaikan uraian panjang lebar mengenai ideologi kaum jihadi dan Al Qaeda secara khusus. Pertemuannya secara tidak sengaja dan perkenalannya dengan pemimpin Al Qaeda Osama bin Laden menjadi titik poin tersendiri. As’ad Ali mencatat bahwa Perang Afghanistan sebagai sebuah permulaan terbentuknya jaringan jihad internasional dan mengenai gagasan pembentukan Al Qaeda. Penulis juga mengungkap pola pengorganisasiannya, serta operasi-operasinya pada tahap awal.
Esensi ideologi Al Qaeda adalah jihad, dan pembentukan khilafah Islamiyah adalah suatu yang mutlak. Dengan ideologi seperti itu, kaum jihadi menyalahkan pemaknaan para ulama yang telah menjadi ijma’ selama berabad-abad, yang mengartikan jihad dalam arti qital (perang) hanyalah salah satu jenis saja dari jihad. Menurut As’ad, jihad yang lebih besar adalah mewujudkan Islam sebagai rahmatan lil alamin. Al Qaeda menganggap jihad qital (perang) adalah fardhu ‘ain, sebagai satu-satunya jihad yang berlaku mutlak sejak turunnya surat At Taubah.